Das Flora-Fauna-Habitat (FFH)-Gebiet ist durch Feuchtlebensräume geprägt: Feuchtgrünland und brachgefallene Flächen, Gehölze wechseln sich kleinflächig ab. Eingestreut liegen Kleingewässer mit Uferröhricht und ihren typischen Verlandungszonen, die zum Schutz und Erhalt von Amphibien und weiteren gefährdeten Arten der Kleingewässer angelegt wurden. Umgeben ist das Schutzgebiet vollständig von landwirtschaftlich ungenutztem Brachland und einem umlaufenden Graben.

Die Schutzwürdigkeit des FFH-Gebiets „Seulingssee bei Kleinensee“ liegt in der bedeutenden Ausprägung von natürlichen eutrophen Seen. In diesen Wasserflächen sind bemerkenswerte Vorkommen stark gefährdeter, regional verschollener oder vom Aussterben bedrohter Wasserpflanzen festgestellt worden. Auch ihre Übergangszonen zum Feuchtgrünland mit Röhricht, Hochstaudenfluren und Gehölzen der Weichholzaue sind wichtiger Lebensraum für charakteristische Arten der Feuchtgebiete, wie z. Bsp. Amphibien (Kammmolch und Kleiner Wasserfrosch mit großen Bestandszahlen), Röhrichtbrüter, Wiesenvögel (Bekassine, Blaukehlchen) und Wasservögel (Wasserralle, verschiedene Entenarten) und auch für die charakteristischen Insektenarten der Kleingewässer und des Feuchtgrünlands.

Das Schutzgebiet liegt in einer der osthessischen Subrosionssenken. Es entstand also durch Auslaugung von Zechsteinsalzen und anschließende Absenkung der darüber liegenden Gesteinsschichten.

Der See wurde durch Trockenlegung in landwirtschaftliche Nutzfläche umgewandelt. Im ehemaligen Seebecken herrschen lehmige bis sandige Sedimente aus dem Erdmittelalter (Pliozän) vor. Die Fläche ist von Nord nach Süd leicht geneigt. Im tiefer liegenden Südwestteil treten schlammige Seeablagerungen auf. Der Nordwestteil wird durch anmoorige bis torfige Substrate charakterisiert, die besonders im Umfeld von Sickerquellen vorkommen. Am Nordostrand des Gebietes fängt ein tiefer, gut ausgebauter Graben das von den nördlichen Höhenzügen eindringende Wasser ab und leitet es am Gebiet vorbei zum „Rhäden von Obersuhl“.

In den 80ziger Jahren wurden 10 Flachwasserteiche angelegt, von denen heute noch 7 erhalten sind. Davon hatten in 2003 drei der Tümpel mehr als 50 % ihrer ursprünglichen Wasserfläche verloren. Auch die Verbuschung war stark fortgeschritten. Waren 1986 erst ca. 10 % (1,5 ha) der Gebietsfläche mit Gehölzen bedeckt, so betrug der Anteil in 2003 etwa 20 % (ca. 3 ha). Die Gehölze siedelten sich bevorzugt an den neu geschaffenen Kleingewässern und in deren Umfeld an. Die nordöstliche Hälfte des Gebiets wird seit 2006 extensiv mit Wasserbüffeln beweidet.

Neben der Beweidung mit Wasserbüffeln werden die vorhandenen Gewässer unterhalten und weitere Kleingewässer neu angelegt. Weiterhin werden periodisch Pflegemaßnahmen an den vorhandenen Gehölzbeständen durchgeführt.