Nach alten Aufzeichnungen war das Gut in Kleinensee ein Lehensgut, zu dem ein Grossteil der Ländereien in der Gemarkung und etwa 100 Morgen Wald gehörten.

Noch um die Mitte des 19. Jahrhunderts waren die Einwohner von Kleinensee dem Gutsherrn dienstverpflichtet.

Die erste Erwähnung über dieses Gut fand man in einem Schreiben, das 1437 Margarete von Heringen an die Kreuzberger Äbtissin richtete. Sie schrieb, dass sie ihr ererbtes Gut am See, Hopfenberg genannt, ihrem Schwager Kurt von Romerode, der 1437 in Wenigentaft lebte, erblich verkauft habe. Zuvor sei dieses Gut schon an die Romerod zu Wildecke (also vor 1413) teilweise versetzt gewesen.

Im Grenzregelungsvertrag zwischen Hessen und Thüringen-Sachsen im Jahre 1562 erhielt der Landgraf die Gerichtsbarkeit über den See und zwei „Vischers Heusern zum kleinen Sehe“ zugestanden. Das Gut, aus dem sich das Dorf entwickelte, gehörte zum Amt Gerstungen. 1593 war Christoph von Boyneburg Gutsbesitzer.

Erst im Jahr 1733 wurden die Verträge zwischen dem Landgrafen v. Hessen und dem Herzog v. Sachsen-Eisenach geschlossen, die in einem Austauschverfahren allem ein Ende bereiteten und den Anfang zu neuer territorialer Bildung machten.

So fiel z.B. der gesamte, mit Gut Kleinensee zusammenhängende Besitz an Hessen. Durch die Zusammenlegung der Besitzungen Kleinensee, Bosserode, des „Unterhofs“ in Rasdorf und der Gerstunger Gefälle in der Mitte des 18. Jahrhunderts, war bis auf wenige Ausnahmen alles zur Gemarkung Bosserode gehörige Grundeigentum dem jeweiligen Herrn auf Kleinensee lehnbar, d.h. abgabenpflichtig.

Mit Abschaffung der Leibeigenschaft (1841 in Kurhessen) war auch der ehemalige Frondienst der Bauern abgeschafft und durch den Handdienst ersetzt worden.

Das Gutshaus wurde im 19. Jahrhundert durch Brand zerstört und danach wieder aufgebaut.

Letztes erhaltenes Inventarstück des alten Gutshauses ist ein schwerer Kronleuchter, der heute im Schiff der Kirche von Kleinensee hängt und bis 2014 als Lichtquelle dient.

Besitzer

 Kurt von Romerod zu Wildecke 1413

 Christoph von Boyneburg 1539

 Dorothea Sophia v. Boxberg geb. v. Zastrow 1746

 Ernst Johann Philipp Hartmann v. Buseck Vulteus 1731

 Karl von Vultee 1794

 Karl Philipp Ludwig

 Major Conrad Heinrich von Krosigk 1901-1907

 Baron Thilo von Bodenhausen 1907-1921

 Generalleutnant Lepper 1921-1926

 Gemeinde Kleinensee - Umbau zum Schulhaus 1972

 Gemeinde Kleinensee - Umbau zum Mietshaus und Kindergarten